تم تحديد نفقات الهيئة العليا المستقلة لمراقبة الانتخابات ضمن مدوّنة تتضمن نفقاتها المتعلقة بالتسيير ومراقبة العملية الانتخابية، حسب مرسوم تنفيذي صدر في العدد 19 من الجريدة الرسمية.  ويهدف المرسوم التنفيذي رقم 17-119 المؤرخ في 23 جمادى الثانية عام 1438  الموافق لـ 22 مارس 2017، إلى تحديد مدوّنة نفقات الهيئة العليا المستقلة لمراقبة الانتخابات، التي تشمل بعنوان نفقات التسيير، كلا من «نفقات المستخدمين بما فيها التعويضات التي تُمنح لأعضاء اللجنة الدائمة، ونفقات تسيير المصالح ونفقات صيانة المباني وتلك المتعلقة بالتكوين». 

أما النفقات المتعلقة بمراقبة العمليات الانتخابية فتشمل «التعويضات وتعويض المصاريف ومصاريف النقل، واقتناء وصيانة العتاد وأدوات مكتبية، والتكاليف الملحقة، وحظيرة السيارات والإيجار والندوات والتجمعات». يضاف إليها «كل نفقة أخرى ترتبط بمراقبة العمليات الانتخابية». 

كما يشير المرسوم إلى أن رئيس الهيئة العليا المستقلة، يُعد الآمر بالصرف الرئيس، كما يمكنه تفويض إمضائه في حدود صلاحياته لكل موظف مؤهل.